Как известно, студенты - тоже люди, и, как и всем людям, им свойственно мечтать. Мечтания у них делятся на плотские и возвышенные. Возвышенные иногда содержат революционно-прорывные идеи - как сделать нашу жизнь ещё лучше. Одну из таких разрывных идей мы бы и хотели сегодня представить Вам, наш Уважаемый Читатель. Данная идея была изложена в эссе на тему "Национальный биотехнологический портал Беларуси" в рамках курса "Биоинформатики".

В настоящее время многие базы данных и программы англоязычны и поэтому не всегда удобны для отечественного пользователя. Кроме того, далеко не все электронные ресурсы, возникшие в разное время и для разных задач, интегрированы в единую удобную схему. Для развития отечественной биотехнологии и молекулярной биологии целесообразно создать единый национальный биотехнологический портал с простым и понятным даже среднестатистическому студенту-биологу интерфейсом, где будут собраны все необходимые для молекулярного биолога-исследователя и специалиста-биотехнолога данные и функции. Мною был разработан проект НАБОК – Национального Академического Биотехнологического Общедоступного Коллектора. Именно в НАБОК будут стекаться все данные, полученные воспрянувшими духом отечественными учёными.

НАБОК разрабатывался исходя из следующих принципов:

• доступность;

• удобство;

• применимость;

• единство;

• лёгкость.

Данный комплекс принципов для краткости назван ДУПЕЛь. Как будет осуществляться ДУПЕЛь в НАБОК, показано на схеме 1.

 

Схема 1. ДУПЕЛь – в НАБОК!

Краткая схема организации НАБОК приведена на схеме 2.

 

Схема 2. Краткая схема организации НАБОК

В НАБОК будет присутствовать доступ как к базам данных, полученных другими исследователями, так и к инструментам, позволяющим получать новые данные. Так, в разделе «Чтиво» будет не только открыт доступ к журналам и книгам, но и появится возможность создать свою статью в текстовом редакторе, специально приспособленном для таких нужд (удобная система ссылок, встроенная возможность поиска иллюстраций и т. д.) и отправить её в on-line журнал «Трудолюбивая Escherichia», где будут публиковаться работы всех, кто в состоянии отличить ColE от кальяна.

Поскольку многим студентам трудно освоить методику работы с биоинформатическими ресурсами, начинающие пользователи могут выбрать специальный режим СУСАНИН (СУперСовременный Анализирующий Научный Интеллектуальный Направляющий), в котором терпеливый искусственный интеллект проведёт неискушённого ученика по основным этапам работы с неизвестными последовательностями. Искусственный интеллект будет также учитывать ошибки пользователя для более удобного обучения.

Вот так может выглядеть предсказание структуры белка в обычном режиме (схема 3) и в режиме СУСАНИН (схема 4):

 

Схема 3. Предсказание структуры белка в обычном режиме

Схема 4. Предсказание структуры белка в режиме СУСАНИН

Как известно, в обучении очень важно поощрение и одобрение, поэтому можно ввести специальную систему достижений: «Получилось с третьего раза, а не с сотого!», «Самая длинная нуклеотидная последовательность на неделе!», «Самая быстрая реакция на неделе!». Постепенно новоиспечённый пользователь будет действовать всё быстрее и безошибочнее и сможет заслужить гордое звание «Продвинутый пользователь»! Этот нехитрый приём психологического поглаживания и поощрения малейших достижений позволит студенту поверить в свои силы даже тогда, когда кажется, что удача отвернулась, а мозги отказали.

Проект может похвастаться не только инновационной системой обучения новичков. Он удобен и для профессионалов, матёрых корифеев молекулярной биологии, способных создать эволюционное дерево, открыть белок с неизвестным доселе доменом и воспитать талантливых последователей (см. схему 5).

 

Схема 5. Участок рабочей области матёрого корифея

Но самый важный пункт – применимость. Каждый новый ген, каждый белок должен не только дополнять научную картину мира, подобно недостающему кусочку мозаики, но и приносить пользу, вносить свои пять копеек в копилку человечества. Далеко не всегда понятно, как то или иное открытие может послужить человеку в его нелёгком бытии: кто бы мог подумать, например, что открытый ещё в 1960-х годах зелёный флуоресцентный белок много лет спустя пригодиться цитологам и генным инженерам! Для того, чтобы находить применение новооткрытым белкам и другим структурам, необходима совместная работа многих светлых голов, а не только самих первооткрывателей. Для этой цели нужен инструмент ПУФиК (Примененье Угадай, Функцию и Качества), позволяющий исследователям обмениваться идеями о свойствах, функциях и возможном применении нового белка или организма. Пусть шустрые бактерии баламутят воду и льют её на микроколёсико мельницы человечества! Пусть ферменты, не покладая субъедениц и не жалея аминокислот своих, катализируют невиданные ранее биохимические превращения! Пусть генномодифицированные клетки бороздят пространство культурального сосуда!

Таким образом, вот мои основные идеи о НАБОК – Национальном Академическом Биотехнологическом Общедоступном Коллекторе, главном собирателе и генераторе биотехнологической информации. В качестве дополнения можно привести логотип этого ресурса (см. рисунок).

 

Рисунок. Логотип НАБОК (набросок)

Во тьме ночной, при свете дня

Сочится мудрость вглубь меня!

Плодов познанья хватит всем:

Оно не страшное совсем!

Потоки знаний, жизнь струится –

Всё это к нам должно стремиться!

Спросить хотите, кто я, что я?

Я НАБОК – вот что я такое!

 

Титова Анастасия Дмитриевна

это шедевр!

Анастасия Дмитриевна, пишите еще!

Раз, два, три, четыре, пять -
Вышли тролли погулять!
Вышли тролли погулять,
Свою удаль показать!

(с)Дмитрий Кнес Семенов

Ok. Есть всего 4 буквы, объясняющие, почему эта идея - не революционная, и даже близко не прорывная: NCBI, а именно их сайт http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

А Вы точно прочли эссе?
(а вступление?)

Совсем ничего непонятно... жаль...

Прочел. И все равно непонятно, где здесь новизна, и где смысл создавать аналог существующей полноценной и качественной базы, читай - тупо ее переведенную копию, ибо даже изображенный дизайн интерфейса (кроме шедевральных подписей) очень навевает.

Это эссе на тему "Национальный биотехнологический портал Беларуси" написано по заданию Леонида Николаевича Валентовича в рамках курса "Биоинформатики".

Целью автора было пофантазировать каким бы мог быть наш отечественный портал. А где смысл создания такого портала, нужно спросить у Леонида Николаевича.

И где Ваш здоровый патриотизм?
"Даёшь процветание!"
Даёшь Национальный биотехнологический портал Беларуси!

Патриотизм есть. Но в наших реалиях его смело можно назвать нездоровым.

Отлично,

осталось только подать заявку на грант министерства образования :-)

Кстати, Vita, практически первая приличная статья за последнее время. Берите АД в штат!

Анастасия Дмитриевна, я считаю вы вправе расчитывать на "автомат" по биоинформатике. Я поговорю с Александром Леонидовичем на эту тему.

Аха-ха-ха, осуществление ДУПЕЛя в НАБОК в режиме СУСАНИН....ой, не могу.

Спасибо, что оценили.

Прочтя три раза опус этот,
Всей глубины постичь не смог.
То ли мозгов ни грамма нету,
То ли давно пора НАБОК :-)