+ /     

Биологический факультет БГУ - Кафедра молекулярной биологии.    

Программа SigmoID

SigmoID


 

GitHub Программа SigmoID на GitHub

 

Программа SigmoID предназначена для поиска регуляторных последовательностей (промоторов, сайтов связывания транскрипционных факторов, Rho-независимых терминаторов) в бактериальных геномах и редактирования аннотации геномных последовательностей с учетом регуляторной информации.

Внешний интерфейс SigmoID – это GUI-приложение, созданное в среде разработки Xojo, что дает ему стандартный внешний вид во всех трёх поддерживаемых операционных системах (OS X, Linux и Windows). GUI создаёт оболочку для использования некоторых программ из пакетов HMMER, MEME Suite и TransTerm HP, которые непосредственно отвечают за поиск. Обработка результатов nhmmer, mast и TransTerm HP, преобразование форматов последовательностей и добавление регуляторных сайтов к аннотации геномов реализованы как отдельные скрипты на языке Python. Эти скрипты вызываются из GUI, однако могут быть легко использованы и отдельно, а также, по желанию, их можно интегрировать в конвейер аннотации. Подробная информация по установке предоставляется с дистрибутивами для каждой платформы. Исходный код всего приложения SigmoID доступен по лицензии GPL 2.0.


SigmoID позволяет:

  • находить данные о сайтах связывания транскрипционных регуляторов в специализированных базах данных (RegPrecise и RegulonDB);
  • визуализировать выровненные сайты связывания в виде лого последовательности;
  • расширять и сокращать границы выравниваний, а также маскировать их малоконсервативные участки;
  • создавать оптимизированные hmm-профили на основе выравниваний последовательностей промоторов/сайтов связывания;
  • искать промоторы/сайты связывания в бактериальных геномах с помощью откалиброванных (или не откалиброванных) hmm-профилей;
  • добавлять аннотацию промоторов и  сайтов связывания транскрипционных факторов в геномные файлы в формате GenBank;
  • просматривать и редактировать аннотацию генома с помощью интегрированного геномного браузера,
  • просматривать данные RNA-seq покрытия (и любые другие "привязанные" к координатам цифровые данные) в геномном браузере.

Скачать последнюю версию программы "SigmoID"


Эта версия SigmoID включает два набора откалиброванных профилей для сайтов связывания транскрипционных факторов и промоторов, распознаваемых альтернативными сигма-факторами. Наборы оптимизированы для
1) пектолитических энтеробактериальных фитопатогенов из родов Pectobacterium и Dickeya и
2) представителей рода Pseudomonas.
Эффективность этих профилей для других бактерий будет ниже, однако при корректировке настроек они могут быть использованы для родственных бактерий. Для большинства бактерий из других семейств информация о многих сайтах связывания доступна через интегрированный доступ к RegPrecise.

 

 

Nikolaichik Y, Damienikan AU. (2016) SigmoID: a user-friendly tool for improving bacterial genome annotation through analysis of transcription control signals. PeerJ 4:e2056. https://doi.org/10.7717/peerj.2056

 

© 2014-2016 Е.А. Николайчик, А.В. Доменикан


Страница обновлена: 25.05.2016 17:08

Расписание 47 автобуса Расписание занятий Следуйте за белым кроликом...

 

Наверх Наверх Наверх 


На главную | © 2003-2017 Л. Валентович, П. Тумилович | Авторские права |